دو عامل اصلی که موجب بروز اختلافات گمرکی است، یعنی عدم شفافیت در بعضی احکام (قوانین، آئین‌نامه‌ها، بخشنامه‌های قانونی) و تفاوت تعرفه‌ها (نرخ‌های حقوق ورودی) منجر به چالش‌های جدی برای مخاطبین گمرک می‌شود.